Finanční úřady zadržovaly firmám celé nadměrné odpočty DPH včetně částí, které nepřišly úředníkům problematické, i poté, co Ústavní soud rozhodl, že se to nemá dít. Upozornil na to Nejvyšší kontrolní úřad, podle kterého trvala náprava téměř dva roky. Chybovaly podle něj konkrétní finanční úřady, ale i Generální finanční ředitelství. To se hájí tím, že tehdejší podoba daňového řádu nic jiného neumožňovala.
Kontroloři zjišťovali, jak přistupovaly finanční úřady, Generální finanční ředitelství a ministerstvo financí k nadměrným odpočtům DPH v letech 2019 až 2022, detailně zkoumali osm desítek případů. V závěrečné zprávě obvinili Generální finanční ředitelství, že „nezajistilo, aby správci daně postupovali v souladu se zákonem (...) a nálezem Ústavního soudu (...) ze dne 22. 2. 2019“.
Finanční úřady podle NKÚ ignorovaly nález Ústavního soudu a zadržovaly celé nadměrné odpočty včetně částí, které samy nepovažovaly za problematické a neprověřovaly je. Změnilo se to bezmála až po dvou letech. Stát kvůli tomu mimo jiné musel vyplatit 909 tisíc korun na úrocích a jako náklady soudních řízení, upozornili kontroloři.
Generální finanční ředitelství však tvrdí, že nebyla jiná možnost než zadržovat nadměrné odpočty celé navzdory nálezu Ústavního soudu, protože tehdejší podoba daňového řádu nic jiného neumožňovala. „Novela daňového řádu s účinností k 1. lednu 2021 přinesla definitivní řešení této problematiky v podobě zavedení nového institutu zálohy na daňový odpočet, který byl okamžitě aplikován v praxi finančních úřadů, a to včetně již probíhajících řízeních,“ uvedl mluvčí finančního ředitelství Tomáš Weiss.
Nadměrný odpočet DPH je nárok na vrácení peněz od státu, který vzniká podnikateli v případě, kdy odpočet daně z nákupů převýší daň z prodejů. Správce daně kontroluje nadměrné odpočty tehdy, když má pochybnosti o jejich výši.
Průměrné roční inkaso DPH před uplatněním nadměrných odpočtů DPH dosáhlo v kontrolovaných letech 818 miliard korun. Průměrné roční uplatněné nadměrné odpočty činily téměř 358 miliard korun. Celkový stav zadržovaných nadměrných odpočtů DPH ke konci jednotlivých let 2019 až 2022 činil v průměru jednu miliardu korun.
